新疆维吾尔自治区中医医院成立于1959年7月1日。1986年4 月，医院成为新疆中医学院附属医院;1998年9月，医院成为新疆医科大学附属中医医院。2001年11月，医院与新疆维吾尔自治区中医研究所合并,同时挂新疆维吾尔自治区中医药研究院、新疆医科大学第四临床医学院和新疆中医名医名方研究开发中心的牌子。六十年的积淀，尤其是近十年来的快速发展，医院已成为全国规模较大、中西医人才汇聚、学科设置齐全、技术力量雄厚、中医特色突出、设备配套先进，集医疗、教学、科研、预防保健和康复于一体的三级甲等中医医院。医院同时是国家中医临床研究基地、中医药传承创新工程重点中医医院项目建设单位、国家中医药优势特色教育培训基地、国家中药炮制传承基地、国家“中医药国际合作基地”、国家药物临床试验机构、并设有国家级博士后科研工作站。医院中药炮制研究实验室及呼吸病研究实验室是自治区重点实验室。

医院编制床位1800张。设有94个临床医技科室，27个行政后勤科室，3个门诊部，1个分院，1个分部。医院现有职工3686人，其中：正高226人，副高263人，中级983人。卫生专业技术人员2649人，主任医师197人，副主任医师221人，主治医师467人，住院医师207人。博士69人，硕士625人，教授25人，副教授54人，讲师130人，具有教学职称211人，具有教师资格证565人。国医大师1人，全国名中医1人，国务院特殊津贴专家8人，岐黄学者1人，首届自治区中医民族医名医3人，全国老中医药专家学术经验继承指导老师12人.

医院始终坚持“以顾客为关注焦点，以员工为中心，以中医药为本，永续创新”的宗旨和“追求诚信卓越，共享仁爱健康”的院训，明确医院的目标定位，突出中医药特色，加快实施服务立院、人才兴院、科研强院和名医、名科、名院的“三名”战略，初步实现了“患者满意、员工爱戴、专家认同、社会推崇”的发展目标。医院现有4个“国家临床重点专科(中医专业)”(心血管病科、骨伤科、皮肤病科、肺病科)，10个国家中医药管理局“十二五”重点专科[心血管科、骨伤科、内分泌科、急诊科、皮肤科、肺病科、针灸科，重症医学科(培育项目)、临床药学(培育项目)、护理学(培育项目)]，8个国家中医药管理局重点学科[中医骨伤科学、中医皮肤病学、中医老年病学、临床中药学、中医肺病学、中医心病学、中医络病学(培育项目)、中医文化学(培育项目)]，4个国家中医药管理局区域中医(专科)诊疗中心项目[肺病专科、皮肤病专科、心血管专科、急诊(重症医学科)专科(培育项目)]，10个自治区级重点学科(中医肛肠病学、中医肺病学、中医内分泌病学、中医皮肤病学、中医脑病学、中医肾病学、推拿学、中医脾胃病学、中医心病学、针灸学);3个自治区临床重点专科(脑病科、检验科、医学影像科)。

医院中医药特色享誉全国各地，常年开展的中医特色诊疗技术项目达100余项，针灸、推拿、小针刀、中医食疗、中药熏洗、浸浴、溻渍、贴敷等中医特色技术项目深受广大患者的欢迎。同时，医院拥有电子直线加速器、3.0T磁共振、双源CT、DSA、数字胃肠机、彩色多普勒超声仪、检验流水线等先进的医疗设备，开展了介入治疗、心脏搭桥手术、人工关节置换手术、脊柱椎间孔镜手术、胸腔镜手术、关节镜手术、经内镜支气管热成型手术、支气管镜电磁导航技术、气管内硅酮支架植入术，房颤冷冻球囊治疗,血管内热交换降温等多学科手术，部分技术处于疆内领先水平。

近年来，医院坚持以“打基础，建机制，重创新”的科研发展战略，加强科研工作，科研能力取得了长足进步。医院目前设有5个研究所(呼吸病研究所、心血管病研究所、骨与关节疾病研究所、肿瘤学研究所、高血压病研究所)。新疆呼吸病研究实验室是自治区重点实验室。医院各级各类科学研究立项课题层次和数量提升迅速。

作为新疆医科大学第四临床医学院，医院设有12个临床教研室，拥有拥有博士研究生导师22名，硕士研究生导师105名,国家级教学名师1人、校级教学名师4人，2015年至今有新疆医科大学精品资源共享课程3项、精品视频公开课2项，中华医学会医学教育分会和中国高等教育学会医学教育专业委员会医学教育研究课题4项，自治区教育教学改革项目1项，新疆医科大学校级教学改革课题10项，指导学生参加自治区级大学生创新课题研究3项、新疆医科大学大学生创新课题研究26项。

医院坚持“围绕新疆工作总目标抓党建，发挥医院党建优势促进发展”的党建工作理念。医院共设有9个党总支，其中在职党总支8个，退休党总支1个;在职党支部69个，其中职工党支部64个，研究生党支部3个，本科生临时党支部1个，务工人员临时党支部1个，党小组41个，共有职工党员886人。党的组织健全、党建工作与临床业务工作紧密结合，党的建设与医院事业协同发展、相互促进，党的基层组织战斗堡垒作用和党员先锋模范作用不断发挥，思想政治工作不断加强，党风廉政建设和行业作风建设等全面从严治党要求不断深化，职代会、群团工作的桥梁纽带作用显著发挥。职工爱院如家，有着较强的凝聚力和向心力，医院和谐稳定、蓬勃发展。

医院先后获得“全国卫生系统先进集体”“全国卫生系统行风建设先进单位”“中医药科技管理工作先进集体”“全国中医护理先进集体”“全国医院(卫生)文化建设先进单位”(4次)“全国卫生系统思想政治工作先进单位”、“全国百家改革创新医院”、“人文爱心医院”、“中国抗疫医疗专家组组派工作表现突出单位”等称号，连续六次荣获“全国文明单位”称号。2003年，医院在全疆三级甲等医院中率先通过了ISO9001：2000质量管理体系认证。2013年，医院伦理委员会被世界中医药学会联合会伦理审查委员会确定为“中医药临床研究伦理审查平台”单位。